El mejor escenario siempre es el que recomiendan (manual para ir monitoreando). Pero recomiendo, en la medida de lo posible dejar todo automático, sobre todo si son plugins y temas muy conocidos. Si se automatizan los backups se puede recuperar uno anterior y esa solución es muchísimo mejor que el problema de un hackeo que son cada vez más complejos y avanzados. Últimamente hubo grandes agujeros de seguridad y se aprovechan muy fácil, como en este que comentaban recientemente.